Структура icon

Структура



НазваниеСтруктура
Дата конвертации20.05.2012
Размер35.25 Kb.
ТипДокументы

Белок и всё о нём в биологии и химии {belok-s.narod.ru}

Глава 4. Структура

4.3. Третичная структура


Под этим термином понимают полную укладку в пространстве всей полипептидной цепи, включая укладку боковых радикалов. Полное представление о третичной структуре дают координаты всех атомов белка. Благодаря огромным успехом рентгеноструктурного анализа такие данные, за исключением координат атомов водорода получены для значительного числа белков. Это огромные массивы информации, хранящиеся в специальных банках данных на машиночитаемых носителях, и их обработка немыслима без применения быстродействующих компьютеров. Полученные на компьютерах координаты атомов дают полную информацию о геометрии полипептидной цепи, в том числе значения торсионных углов, что позволяет выявить спиральную структуру, -складки или нерегулярные фрагменты. Примером такого исследовательского подхода может служить следующая пространственная модель структуры фермента фосфоглицераткиназы:

gif" align=left hspace=12>

N




Общая схема строения фосфоглицераткиназы. Для наглядности -спиральные участки представлены в виде цилиндров, а -складки – в виде лент со стрелкой, указывающей направление цепи от N-конца к С-концу. Линии – нерегулярные участки, соединяющие структурированные фрагменты.


Изображение полной структуры даже небольшой белковой молекулы на плоскости, будь то страница книги или экран дисплея мало информативно из-за чрезвычайно сложного строения объекта. Чтобы исследователь мог наглядно представлять пространственное строение молекул сложных веществ, используют методы трехмерной компьютерной графики, позволяющей выводить на дисплей отдельные части молекул и манипулировать с ними, в частности поворачивать их в нужных ракурсах.

Третичная структура формируется в результате нековалентных взаимодействий (электростатические, ионные, силы Ван-дер-Ваальса и др.) боковых радикалов, обрамляющих -спирали и -складки, и непериодических фрагментов полипептидной цепи. Среди связей, удерживающих третичную структуру следует отметить:

а) дисульфидный мостик ( – S – S – )

б) сложноэфирный мостик (между карбоксильной группой и гидроксильной группой)

в) солевой мостик (между карбоксильной группой и аминогруппой)

г) водородные связи.

В соответствии с формой белковой молекулы, обусловленной третичной структурой, выделяют следующие группы белков:

  1. Глобулярные белки. Пространственная структура этих белков в грубом приближении может быть представлена в виде шара или не слишком вытянутого эллипсоида - глобулы. Как правило, значительная часть полипептидной цепи таких белков формирует -спирали и -складки. Соотношение между ними может быть самым различным. Например, у миоглобина (подробнее о нем на стр.28) имеется 5 -спиральных сегментов и нет ни одной -складки. У иммуноглобулинов (подробнее на стр.42), наоборот, основными элементами вторичной структуры являются -складки, а -спирали вообще отсутствуют. В вышеприведенной структуре фосфоглицераткиназы и те и другие типы структур представлены примерно одинаково. В некоторых случаях, как это видно на примере фосфоглицераткиназы, отчетливо просматриваются две или более четко разделенные в пространстве (но тем не менее, конечно, связанные пептидными мостиками) части – домены. Зачастую различные функциональные зоны белка разнесены по разным доменам.

  2. Фибриллярные белки. Эти белки имеют вытянутую нитевидную форму, они выполняют в организме структурную функцию. В первичной структуре они имеют повторяющиеся участки и формируют достаточно однотипную для всей полипептидной цепи вторичную структуру. Так, белок -креатин (основной белковый компонент ногтей, волос, кожи) построен из протяженных -спиралей. Фиброин шелка состоит из периодически повторяющихся фрагментов Gly – Ala – Gly – Ser , образующими -складки. Существуют менее распространенные элементы вторичной структуры, пример – полипептидные цепи коллагена, образующие левые спирали с параметрами, резко отличающимися от параметров -спиралей. В коллагеновых волокнах три спиральные полипептидные цепи скручены в единую правую суперспираль:













Похожие:

Структура iconВопросы к кандидатскому экзамену по философии науки
Феномен науки. Структура научного знания: математическая структура, примеры структур
Структура iconВ. П. Предварительное замечание
Другим "проклятием" является структура интеллекта живых (информационных) систем, который использует преимущественно готовые, хранящиеся...
Структура iconЛекция по Апокалипсису св. Иоанна Богослова (АИ). 6 декабря 1995
Структура его композиции очень строгая, и вся она, как всегда в апокалиптической литературе (по крайней мере христианской), подчинено...
Структура iconСоциальная структура российского общества
Любое общество всегда имеет социальную структуру, под которой понимается вся совокупность классов, слоёв, общественных групп и т...
Структура iconПространственная структура гомологов основного актина и ?-актина 1 различна в. В. Соколик гу «Институт неврологии, психиатрии и наркологии амн украины»
Установлена различная пространственная структура для основного актина и ?-актина 1 с 91% идентичностью аминокислотных последовательностей...
Структура iconМетодические рекомендации по заполнению таблицы уровня образовательного учреждения «Базовая: Сведения об образовательном учреждении (структура)»
Таблица «Базовая: Сведения об образовательном учреждении (структура)» является ежемесячной заполняемой таблицей уровня образовательного...
Структура iconСтруктура организации Научного Общества учащихся школы №9. Автор: Проничев С. В. Структура ноу определяется исходя из «Положения о ноу»
В структуре основной единицей объединения учащихся являются секции. Характер секций определяется в зависимости от внутренних условий...
Структура iconСписок рассылки автореферата Кириллова Андрея Геннадьевича «Политический нарратив: структура и прагматика (на материале современной англоязычной прессы)»
«Политический нарратив: структура и прагматика (на материале современной англоязычной прессы)»
Структура iconДокументы
1. /UA Инвестиции и структура экономики Украины/INVEST.DOC
2. /UA...

Структура iconСтруктура

Структура iconДокументы
1. /Гриндер-Бэндлер СТРУКТУРА МАГИИ1.DOC
2. /Гриндер-Бэндлер...

Разместите кнопку на своём сайте:
Документы


База данных защищена авторским правом ©podelise.ru 2000-2014
При копировании материала обязательно указание активной ссылки открытой для индексации.
обратиться к администрации
Документы

Разработка сайта — Веб студия Адаманов