4 Первичная структура icon

4 Первичная структура



Название4 Первичная структура
Дата конвертации21.05.2012
Размер48.64 Kb.
ТипДокументы

Белок и всё о нём в биологии и химии {belok-s.narod.ru}

Глава 4. Структура

4.1. Первичная структура






Представляет собой линейную цепь аминокислот, расположенных в определенной последовательности и соединенных между собой пептидными связями. Пептидная связь образуется за счет -карбоксильной группы одной аминокислоты и -аминной группы другой:


Ci

O - H2O O

H2N – CH – C + NH – CH – COOH H2N – CH – C  NH – CH – COOH

| OH H | | |

R R1 R R

Oi



Ci +1





Ni + 1

Ci k


i




Hi

H




Hi +1


Ni

Ci - 1

i
gif" align=left hspace=12>






Ci – 1





Ri

Oi - 1

Пептидная связь вследствие p, -сопряжения -связи карбонильной группы и р-орбитали атома N, на котором находится не поделенная пара электронов, не может рассматриваться как одинарная и вращение вокруг нее практически отсутствует. По этой же причине хиральный атом C и карбонильный атом C k любого i-го аминокислотного остатка пептидной цепи и атомы N и С(i+1)-го остатка находятся в одной плоскости. В этой же плоскости находятся карбонильный атом О и амидный атом Н ( однако накопленный при изучении структуры белков материал показывает, что это утверждение не совсем строго: атомы, связанные с пептидным атомом азота, находятся не в одной плоскости с ним, а образуют трехгранную пирамиду с углами между связями, очень близкими к 120. Поэтому между плоскостями, образованными атомами Ci, Cik, Oi и Ni+1, Hi+1, Ci+1 , существует некоторый угол, отличающийся от 0. Но, как правило, он не превышает 1 и не играет особой роли). Поэтому геометрически полипептидную цепочку можно рассматривать как образованную такими плоскими фрагментами, содержащими каждый по шесть атомов. Взаимное расположение этих фрагментов, как и всякое взаимное расположение двух плоскостей, должно определятся двумя углами. В качестве таковых принято брать торсионные углы, характеризующие вращения вокруг -связей N  C и C  C k.


Геометрия любой молекулы определяется тремя группами геометрических характеристик ее химических связей – длинами связей, валентными углами и торсионными углами между связями, примыкающими к соседним атомам. Первые две группы в решающей мере определяются природой участвующих атомов и образующихся связей. Поэтому пространственная структура полимеров в основном определяется торсионными углами между звеньями полимерного остова молекул, т.е. конформацией полимерной цепи. Торсионный угол, т.е. угол поворота связи А-В вокруг связи В-С относительно связи С-D, определяется как угол между плоскостями, содержащими атомы А, В, С и атомы B, C, D.




D


D








C


C




A





B

B


A






В такой системе возможен случай, когда связи А-В и С-D расположены параллельно и находятся по одну сторону от связи В-С. ^ Если рассматривать эту систему вдоль связи В-С, то связь А-В как бы заслоняет связь C-D, поэтому такая конформация называется заслоненной. Согласно рекомендациям международных союзов химии IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) и IUB (International Union of Biochemistry), угол между плоскостями ABC и BCD считается положительным, если для приведения конформации в заслоненное состояние путем поворота на угол не выше 180 ближнюю к наблюдателю связь нужно поворачивать по часовой стрелке. Если эту связь для получения заслоненной конформации нужно поворачивать против часовой стрелки, то угол считается отрицательным. Можно заметить, что это определение не зависит от того, какая из связей находится ближе к наблюдателю.


При этом, как видно из рисунка, ориентация фрагмента, содержащего атомы Ci-1 и Ci [(i-1)-й фрагмент], и фрагмента, содержащего атомы Ci и Ci+1 (i-й фрагмент), определяется торсионными углами, соответствующими вращению вокруг связи NiCi и связи CiCik. Эти углы принято обозначать как  и , в приведенном случае соответственно i и i. Их значениями для всех мономерных звеньев полипептидной цепи в основном определяется геометрия этой цепи. Никаких однозначных величин ни для значения каждого из этих углов, ни для их комбинаций не существует, хотя на те и на другие накладываются ограничения, определяемые как свойствами самих пептидных фрагментов, так и природой боковых радикалов, т.е. природой аминокислотных остатков.

К настоящему времени установлены последовательности аминокислот для нескольких тысяч различных белков. Запись структуры белков в виде развернутых структурных формул громоздка и не наглядна. Поэтому используется сокращенная форма записи – трехбуквенная или однобуквенная (молекула вазопрессина):


Cys – Tyr – Phe – Gln – Asn – Cys – Pro – Arg – Gly – NH2^ CYFQNCPRG – NH2




S S


При записи аминокислотной последовательности в полипептидных или олигопептидных цепях с помощью сокращенной символики предполагается, если это особо не оговорено, что -аминогруппа находится слева, а -карбоксильная группа – справа. Соответствующие участки полипептидной цепи называют N-концом (аминным концом) и С-концом (карбоксильным концом), а аминокислотные остатки – соответственно N-концевым и С-концевым остатками.








Похожие:

4 Первичная структура iconИюля 2005 года. С изменениями, принятыми II съездом морп «Защита»
Первичная профсоюзная организация Межрегионального Объединённого Рабочего Профсоюза (морп) «Защита» (в дальнейшем – первичная организация)...
4 Первичная структура iconПоложение о первичной профсоюзной организации Межрегионального Объединённого Рабочего Профсоюза
Первичная профсоюзная организация Межрегионального Объединённого Рабочего Профсоюза (морп) «Защита» (в дальнейшем – первичная организация)...
4 Первичная структура iconВопросы к кандидатскому экзамену по философии науки
Феномен науки. Структура научного знания: математическая структура, примеры структур
4 Первичная структура icon«Курганэнергоремонт»
Первичная профсоюзная организация ОАО «Курганэнергоремонт». К исполнению трудовых обязанностей они не
4 Первичная структура iconВ. П. Предварительное замечание
Другим "проклятием" является структура интеллекта живых (информационных) систем, который использует преимущественно готовые, хранящиеся...
4 Первичная структура iconПоложение о первичной организации Профсоюза работников народного образования и науки РФ
На основании Примерного положения первичная профсоюзная организация разрабатывает свое Положение
4 Первичная структура iconПервичная обработка геолого-геофизических данных при оценке алмазоносности территории
Информационные системы – совокупность устройств, предназначенных для сбора, подготовки, хранения, обработки и выдачи информации в...
4 Первичная структура iconЛекция по Апокалипсису св. Иоанна Богослова (АИ). 6 декабря 1995
Структура его композиции очень строгая, и вся она, как всегда в апокалиптической литературе (по крайней мере христианской), подчинено...
4 Первичная структура iconСоциальная структура российского общества
Любое общество всегда имеет социальную структуру, под которой понимается вся совокупность классов, слоёв, общественных групп и т...
4 Первичная структура iconПротокол №4 типовое положение о первичной организации вои
Первичная организация вои является структурообразующим звеном Всероссийского общества инвалидов. Приоритетным направлением ее деятельности...
Разместите кнопку на своём сайте:
Документы


База данных защищена авторским правом ©podelise.ru 2000-2014
При копировании материала обязательно указание активной ссылки открытой для индексации.
обратиться к администрации
Документы

Разработка сайта — Веб студия Адаманов